知网查重不用目录的原因主要是因为其查重工具是基于内容相似度的原理，而不是基于目录匹配。查重工具会通过比对文本内容的相似度来判断是否存在抄袭行为，因此不需要依赖目录结构。这种基于内容相似度的查重方法更加准确和全面，可以有效检测出各种形式的抄袭行为，包括改写、换词等。此外，不使用目录还可以避免因目录变动而导致的查重不准确的情况。

另外，知网查重不用目录还可以提高查重的效率和准确性。因为目录结构可能会受到文档格式、排版等因素的影响，导致查重结果不够准确。而基于内容相似度的查重方法可以更加客观地比对文本内容，不受格式等因素的影响。因此，知网查重不用目录可以更好地保障文本的原创性和学术诚信，为学术研究和论文写作提供更加可靠的支持。